曾文水庫共調查到魚類 9 科 24 種,其中粗首鱲為特有種,外來種有 19 種,優勢種小盾鱧 ( 魚虎 )、泰國鱧、紅鰭鮊和吉利吳郭魚均為外來種。
| 科 | 學名 | 中文名 |
|---|---|---|
| 鯉科 | Hemiculter leucisculus | 白鱎 |
| 鯉科 | Culter erythropterus | 紅鰭鮊 |
| 鯉科 | Culter alburnus | 翹嘴紅鮊 |
| 鯉科 | Cirrhinus molitorella | 鯁魚 |
| 鯉科 | Cyprinus carpio carpio | 鯉魚 |
| 鯉科 | Hypophthalmichthys molitrix | 白鰱 |
| 鯉科 | Aristichthys nobilis | 黑鰱 |
| 鯉科 | Mylopharyngodon piceus | 青魚 |
| 鯉科 | Ctenopharyngodon idellus | 草魚 |
| 鯉科 | Megalobrama amblycephala | 團頭魴 |
| 鯉科 | Hypsibarbus pierrei | 高體高鬚魚 |
| 鯉科 | Epalzeorhynchos munense | 泰國雙角魚 |
| 鯉科 | Opsariichthys pachycephalus | 粗首鱲 |
| 慈鯛科 | Tilapia zillii | 吉利吳郭魚 |
| 慈鯛科 | Parachromis managuensis | 馬拉麗體魚 |
| 鱧科 | Channa striata | 泰國鱧 |
| 鱧科 | Channa micropeltes | 小盾鱧 |
| 鱧科 | Channa maculata | 斑鱧 |
| 甲鯰科 | Liposarcus multiradiatus | 琵琶鼠 |
| 絲足鱸科 | Trichogaster trichopterus | 三星鬥魚 |
| 鰍科 | Misgurnus anguillicaudatus | 泥鰍 |
| 塘鱧科 | Oxyeleotris marmorata | 斑駁尖塘鱧 |
| 鰕虎魚科 | Rhinogobius giurinus | 極樂吻鰕虎 |
| 鯰科 | Silurus asotus | 鯰魚 |