曾文水庫共調查到魚類 9 科 24 種，其中粗首鱲為特有種，外來種有 19 種，優勢種小盾鱧 ( 魚虎 )、泰國鱧、紅鰭鮊和吉利吳郭魚均為外來種。
曾文水庫共記錄 47 科 121 種鳥類，留鳥種類約佔四分之三，候鳥或過境鳥佔四分之一，引進種有 3 種 ( 野鴿、白尾八哥和家八哥 )，外來種 1 種 ( 白腰鵲鴝 )。
